巨石碑之门被打开，阿尔特里亚遭到来自谜之大陆的进攻，面临着灭亡的危险。50年后的未来，只剩下柏林公司保护的小块地区，全靠以贝思柯德为中心的抵抗军在坚持。
50年后的世界，百合花是柏林公司的首席开发者，是负责天启项目的总指挥。天启项目是一个把人送到过去通过修改历史来拯救未来世界的计划。
她是学者柯梅里纳的姐姐，把学者柯梅里纳送上天启号，派柯梅里纳去50年前的世界修改过去。
而从古代龙的宝玉碎片中诞生的——黛西，在巨石碑之门被打开，谜之大陆向这个世界发起进攻时，进入了柏林公司，用自己的知识和技术寻找拯救这个世界的方法。
已经长成为成人女性模样的黛西意识到因为自己的诞生存在技术缺陷。
黛西把自己的宝玉碎片分成了两半，利用柏林公司的技术用另一块宝玉碎片制造出了一个自己的克隆体。
黛西把这个跟自己长得一模一样的克隆体取名叫作百合花，把自己的记忆和知识全部传授给她之后就死了。
一方面黛西给百合花下了拯救世界的指示，另一方面古代龙的宝玉碎片也自带了“守护阿尔特里亚的生命”的使命，背负着拯救世界重任的百合花想到了回到过去去改变未来的方法。
百合花把黛西死后留下来的另一半宝玉碎片分成了30块，再次制造了自己的克隆体。这就是学者XD系列。百合花给学者XD系列每一个克隆体都植入了编造的记忆，使她们都服从自己，然后把她们逐一送往过去。通过反复的尝试，不断地调整到达时间和空间，百合花为了计划成功，不懈地努力着。